Maladie

Xylella fastidiosa

Xylella fastidiosaest une bactérie du xylème de la famille des Xanthomonadaceae. Elle compte parmi ses hôtes plus de  200  espèces  végétales  et  plus  de  50  familles  botaniques  différentes. En  colonisant  le  xylème, X.  fastidiosaprovoque l’obturation des vaisseaux alimentant la partie aérienne de la plante. La bactérie est présente à la fois dans les organes aériens (feuilles, rameaux, fruits) et dans les racines.

Xylella  fastidiosa est  un organisme  nuisible  règlementé  de  quarantainedans  l'Union  européenne.  Au  titre  d’un arrêté  de  juillet  2000,  il  s’agit  également  d’un organisme  de  lutte  obligatoire  de  façon  permanentesur  tout  le territoire français. Par décision de la Commission Européenne, la surveillance du pathogène est renforcéesur le territoire européen : en février  2014,  en  urgence,  l’Union  européenne  a  adopté  la  Décision  d’exécution  de  la  Commission  concernant  des mesures visant à empêcher la propagation dans l’Union de Xylella fastidiosa (Décision 2014/87/EU).Le plan de surveillance national a été renforcé sur la Corse depuis fin 2013 (suite aux premières suspicions); il s’est encore  renforcé  au  second  semestre  notamment  avec  le  développement  d’un  partenariat  avec  les  Services  de  la Douane.

Xylella fastidiosa est une bactérie responsable de la maladie de Pierce sur vigne, de la chlorose variégée des agrumes (Citrus variegated chlorosis), et de la brûlure foliaire de nombreuses espèces végétales (caféiers, pêchers, abricotiers, amandiers, oliviers, chênes...).

Confusionspossibles: Les différents symptômes de types brûlures foliaires ou chloroses du limbe peuvent aisément être confondus avec des symptômes dus aux stress hydriques, à la sénescence naturelle des feuilles ou à des carences nutritionnelles.

Plantes hôtes

X. fastidiosapossède une très large gamme d’hôtes naturels, notamment les amandiers, les pêchers, les pruniers, les abricotiers,  les vignes,  les agrumes,  les caféierset  les oliviers, le  tournesol  ainsi  que  sur  le  chêne  et  l'orme.Il  est important de noter que les végétaux peuvent être porteurs de la bactérie sans présenter de signe de maladie.Les  experts  de  l'EFSA (Autorité  européenne  de  sécurité  des  aliments) ont  conclu  que X.  fastidiosa pouvait  être présente  sur  un  éventail  très  large  de  plantes  hôtes  connues  dans  l'UE,  y  compris  des plantescultivéespour  la production  agricole  mais  aussi  des espècessauvagesindigènescommunes  en  Europe.  En outre,  il  existe  un  grand nombre  d'espèces  qui  pourraient  être  infectées  par  la  bactérie  mais  qui  n'y  ont  jamais  été  exposées  ;  il  est  par conséquent difficile d'établir la probabilité de son impact

 

 

Problèmes sanitaires potentiels des fruits, légumes et dérivés

La question la plus sensible pour les fruits et légumes sur le plan sanitaire reste celle des résidus de pesticides et des dépassements éventuels de leurs LMR. Sur le plan de la santé publique, il est important que les résidus retrouvés n’entrainent pas de dépassement de la dose aiguë de référence (DARf).Si le pesticide en question a peu d’effet à court terme et n’a pas de DARf établie, la dose journalière admissible (DJA.) sert de plafond toxicologique, même si un dépassement occasionnel de celle-ci n’est pas considéré comme problématique sur le plan de la santé publique.
Les nitrates peuvent aussi présenter un problème de santé publique lorsqu’ils s’accumulent en trop grandes concentrations dans les légumes feuillus (laitues, épinards, céleris verts)
En troisième lieu viennent les microorganismes pathogènes pour les fruits et légumes consommés crus ou prédécoupés(, dits de 4° gamme). Les méthodes de production de petits fruits (fraises, framboises etc..) ou de germes de légumes, l’usage d’engrais organique à base de lisier ou fumier , l’absence d’hygiène des cueilleurs à la récolte, la contamination des eaux d’irrigation ou de lavage , peuvent entraîner une contamination persistante jusqu’au consommateur (norovirus, E .coli, Salmonella sp, Shigella , Listeria ,virus de l’hépatite A, Cryptosporidium…ont tous été à la base de toxi-infections alimentaires collectives ou TIAC). La réglementation CE n’autorise pas la présence de Salmonelles dans 25 g des légumes prédécoupés. Ces contrôles se justifient surtout en cas d’observation de TIAC afin d’identifier rapidement la source des intoxications et de détruire les lots contaminés déjà dans le commerce (cfr par ex. décès dus au fenugrec égyptien).Le Codex alimentarius comporte un « code d’usages en matière d’hygiène pour les fruits et légumes frais (CAC/RCP 53-2003 » qui vise à limiter les contaminations.
Les mycotoxines et spécialement les aflatoxines sur la production locale (dattes, amandes ) ou importée (pistaches, arachides, noix …) sont à contrôler. Il en est de même pour les épices et mélanges d’épices.
Un monitoring sur la contamination éventuelle des fruits et légumes par Cd et Pb est utile, spécialement pour les productions peu éloignées des zones industrielles.
En ce qui concerne les dangers physiques, les problèmes les plus fréquemment rencontrés en produits frais ou transformés consistent en la présence de fragments ligneux ou de pierre venant du champ, de morceaux de verre, poils, nuisibles (souris, insectes) etc. Généralement ce sont les consommateurs qui alertent les services de contrôle à ce sujet car il s’agit d’évènements heureusement isolés.
Des falsifications ont également déjà été constatées dans les huiles (ajout d’huiles minérales) ou l’ajout de colorants interdits dans des sauces pimentées.
Pour ce qui est des conserves, les barèmes thermiques et l’étanchéité des emballages sont importants à garantir, l’organisme le plus redouté étant Clostridium botulinum. Les concentrations en métaux lourds sont à contrôler également (migration de Sn).

 

Problèmes sanitaires potentiels des céréales et dérivés

Comme les chiffres cités précédemment l’indiquent, les céréales et dérivés constituent un facteur important d’exposition des consommateurs et, à ce titre, doivent donc retenir l’attention des autorités sanitaires. Néanmoins, l’évaluation des risques sur base de l’expérience indique généralement peu de problèmes. Les principaux dangers peuvent être classés comme suit :

Les dangers physiques :

  • Corps étrangers et/ou anomalies liés aux produits (grains chauffés, fusariés, mouchetés,….),
  • Corps étrangers divers (traces de nuisibles, poussière, cheveux, poils, débris de bois, de métal, cailloux…).Ces éléments sont normalement éliminés lors de la réception.
  • Les éléments radioactifs (spécialement Cs 134 et Cs 137) qu’il y a lieu de surveiller, spécialement sur les céréales importées d’Ukraine comme suite à l’accident nucléaire de Tchernobyl.

Les dangers chimiques :

  • Les résidus de pesticides : même si les monitorings au niveau international montrent que les résidus sur céréales sont moins souvent détectés que sur les fruits et légumes, ils doivent faire l’objetd’une surveillance. Les résidus susceptibles d’être détectés et surtout de dépasser les LMR sont principalement ceux des insecticides appliqués en post-récolte, au stockage, et parfois des fongicides systémiques appliqués au champ. Les insecticides homologués en Tunisie pour les traitements de post-récolte s’appliquent toutefois par fumigation et si la législation est respectée, ne devraient pas laisser de résidus décelables. Les herbicides sont souvent absents car appliqués plus tôt dans la culture, à l’exception du glyphosate parfois appliqué peu de temps avant récolte lorsque les champs sont trop enherbés. Ce traitement ne se justifie financièrement qu’en cas de hauts rendements mais explique les LMR élevées acceptées par le Codex alimentarius pour cet herbicide total sur céréales.
  • Les mycotoxines : produites par des moisissures microscopiques, on peut les retrouver parfois au-delà des normes internationales en fonction de la climatologie. Lors des analyses on visera particulièrement :Les aflatoxines produites par certains Aspergillus, surtout sur maïs

NB : ce type de mycotoxine peut aussi être présent dans le lait via la contamination des fourrages pour le bétail. On les trouve aussi dans les noix, arachides, épices, graines oléagineuses, figues, dattes etc…comme en témoignent les alertes via le RASFF.
Le déoxynivalénol ou DON produit par des Fusarium.
La zéaralénone toxine oestrogénique produite souvent en parallèle du DON par un Fusarium .
L’ochratoxine A produite par certains Penicillium et Aspergillus, que l’on détecte dans les céréales et farines mais aussi les clous de girofle ou les raisins secs par ex.
Les fumonisines produites par des Fusarium et relevées dans le maïs et plus rarement les fèves, nouilles ou farine de blé, le riz, le curry.

  • Les OGM autorisés dans de nombreux pays et pas dans d’autres, constituent plus un problème d’ordre réglementaire que de nature sanitaire. Le maïs et le riz importés sont les céréales les plus concernées actuellement vu les superficies au niveau mondial.
  • L’ergot du seigle vu sa nocivité doit rester également un point d’attention
  • Les métaux lourds et les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) sont généralement peu problématiques dans les céréales et dérivés, même s’ils doivent être contrôlés.

Les dangers microbiologiques :

Pour les dangers microbiologiques, il convient de rappeler que le grain ne peut se conserver longtemps que si son humidité est basse et située au-dessous du seuil limite d'apparition d'eau libre dite "solvante" qui favorise le développement des moisissures. Pour les céréales, la limite d'activité de l'eau, ou seuil de sauvegarde, est de l’ordre de 0,70. Au-dessous du seuil de teneur en eau de sauvegarde, tout risque de développement des moisissures est annulé. Cependant, il est très rare que l'intégralité de la masse des grains stockés soit à une teneur en eau homogène et le seuil de sauvegarde peut être dépassé en certains points sans que cela ait une influence notable sur la teneur en eau moyenne de l'ensemble du lot de grain conservé.
En effet, du fait de leur siccité, la flore dangereuse ou susceptible d'altérer la qualité des céréales est essentiellement constituée par des moisissures adaptées à des taux d'hydratation assez bas (15-16% de teneur en eau) et appelée communément flore de stockage. Néanmoins, depuis le moment de leur "initiation" au sein de l'épi jusqu'au passage au moulin les grains de céréales sont soumis à des contaminations par des microorganismes (bactéries, levures ou moisissures). Les principaux représentants de cette microflore de stockage sont essentiellement des espèces des genres Aspergillus et Penicillium, accompagnées par des espèces secondaires de Mucorales ou des genres Byssoclamys, Scopulariopsis et Wallemia. Toujours très abondantes dans les recoins des silos et entrepôts, ces espèces très sporulantes sont très souvent à l'origine de contaminations secondaires lors de manutentions et de la transformation des grains.

Tableau 1 : Relation mycotoxines-moisissures responsables

Mycotoxines incriminées Principales moisissures responsables
Aflatoxines Aspergillus flavus
Ochratoxines Aspergillus ochraceus
Citrinine Penicillium viridicatum
Patuline

Aspergillus clavatus

Penicilliurn expansum

Trichothécènes Fusarium divers
Fumonisines Fusarium moniliforme
Zéaralénone Fusarium graminearurn

 

Maladies végétales

La distinction entre une maladie et un problème d'ordre physiologique n'est pas toujours facile à faire. Les maladies des plantes sont dues à divers organismes : champignons, oomycètes, bactéries, virus, viroïdes, phytoplasmes, protozoaires, nématodes et plantes parasites. Ces organismes sont normalement présents et souvent en grande quantité dans leur environnement, parfois même des organismes utiles ou symbiotes à la plante, et qui se développent à la faveur d'un stress, d'une blessure, d'une piqûre d'insecte...

Types de maladies végétales

    1.1 Maladies bactériennes
    1.2 Maladies virales
    1.3 Maladies cryptogamiques (dues à des champignons)
    1.4 Maladies à phytoplasmes
    1.5 Maladies à nématodes

Symptômes

Les symptômes comportent essentiellement des changements de couleur, des altérations d’organismes, des modifications anatomiques, des productions anormales de substances et des altérations diverses du métabolisme.

Causes

Les maladies des plantes sont dues à deux séries de facteurs, qui peuvent agir conjointement :

  • des facteurs liés au milieu dans lequel poussent ou évoluent les plantes et végétaux libres (phytoplancton), qui peuvent provoquer des maladies physiologiques à la suite d'agressions de facteurs physiques (acidité, UV, déshydratation, radioactivité, pollutions) ou de carences minérales du sol.
  • des organismes parasites qui peuvent déterminer des maladies parasitaires d'origine végétale, cryptogamique, bactérienne, virale ou animale. Dans certains cas, plus que de maladie, il s'agit de déprédations (exemple des animaux, bactéries ou champignons phytophages). L'absence d'organismes symbiotes (bactéries, champignons, pollinisateurs..) est aussi une cause de maladies ou de mort des plantes.

 

Lutte contre les maladies

Des pratiques préventives sont possibles dans certains cas :

  •     éviter l’excès d’humidité par drainage ou un contrôle intelligent de l’irrigation,
  •     éliminer des plantes malades, les débris,
  •     éviter d’endommager les tissus végétaux,
  •     pratiquer la rotation longue,
  •     désinfecter les semences (hypochlorite de Na/Ca, formaldéhyde, oxychlorure de cuivre, traitement à la chaleur),
  •     désinfecter le matériel (hypochlorite de Na/Ca, détergents, formol),
  •     désinfecter le sol par traitement vapeur – solarisation,
  •     choisir des variétés résistantes.

Lutte chimique

C'est le recours aux fongicides de synthèse ou aux bactéricides (antibiotiques) . De nos jours, toutes les productions agricoles intensives (grandes cultures, arboriculture, cultures légumières) ont recours à des applications de fongicides pour protéger leur potentiel. Dans le cadre de systèmes de lutte raisonnée, le producteur définit un itinéraire cultural avec un objectif de rendement. Plus celui-ci est élevé, plus il faut être vigilant face au développement des maladies. La lutte raisonnée basée sur l'observation méticuleuse des cultures permet d'intervenir à bon escient avec une palette d'outils (chimiques et autres) performants, ayant, dans le cadre d'une bonne pratique agricole, un impact limité sur l'environnement, sans risque pour le consommateur (les conditions de mise en marché et d'emploi des spécialités phytosanitaires sont strictement encadrées par une règlementation rigoureuse basée sur des textes règlementaires européens et nationaux).

Pour la protection des cultures, les antibiotiques sont très peu autorisés (donc d'usage interdit) dans la plupart des pays pour les risques de sélection de gènes de résistance qui pourraient passer aux bactéries pathogènes chez l'homme. On y trouve des produits comme la Streptomycine, la Terramycine, l'Agrimycine, la Kasugamycine.

Lutte biologique

On peut volontairement introduire dans une parcelle infectée une bactérie ou un champignon inoffensif pour la plante mais qui présente des antagonismes forts avec une bactérie ou un champignon particulièrement pathogène. Par exemple on utilise Erwinia herbicola contre Erwinia amylovora.

Lutte intégrée

On peut aussi combiner les différentes techniques en prenant plus en compte le facteur environnemental.

 

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